공사는 제주삼다수의 핵심인 제주 지하수의 수질 보호를 위해 꾸준히 노력해왔다. 우선 ‘제주특별자치도 지하수관리조례’에 따라 2년마다 지하수 개발·이용 허가 기간 연장을 위한 지하수 영향조사를 실시하고 있다. 또 취수원의 수질 보호를 위해 1996년부터 주변지역의 토지를 꾸준히 매입해왔다. 지금까지 177억원을 투자해 716,603㎡(217,152평)를 관리하고 있다. 특히, 지하수 수질관리 강화를 위해 취수원 주변 잔디식재 및 농경지로 이용하는 사유지 621,033㎡(187,862평)를 취수원 보호용지로 매입하기도 했다.
지하수를 안전하게 유지하는 것뿐만 아니라 보다 체계적인 취수원 보호 프로그램도 진행하고 있다. 공사는 제주삼다수 취수원 주변지역 및 표선유역에 수자원 관측망을 설치하여 지하수 상황을 실시간으로 수집·감시하는 체계를 구축하고 있다. 2021년 기준, 감시정 22개소, 취수정 6개소, 수위 39개소, 수질 14개소, 하천유출 1개소, 기상관측 1개소 등 총 83개소 수자원 관측망을 운영하여 제주삼다수 취수로 인한 주변의 영향을 정밀하게 감시하고 있다.
또 제주삼다수 취수원 주변 23개 지점의 토양성분 변화를 연 2회 지속적으로 모니터링하고, 주변 지역의 잠재오염원 조사도 매년 실시하고 있다. 조사 결과 취수원 주변 토양은 청정한 상태로 유지되고 있으며 취수원 상류지역에는 수질오염을 일으킬 수 있는 잠재오염원이 분포하지 않는 것으로 나타났다.
제주삼다수의 발전을 위한 노력도 꾸준히 전개하고 있다. 제주삼다수 사업이 지속성장하면서 현 6개의 취수공을 24시간 가동하는 체계로 운영하고 있다. 또한, 미래 지하수 환경 변화에 선제적으로 대응하기 위한 제3취수원 개발사업을 2018년부터 추진하여 2022년 완료할 예정이다.
그리고 과학적인 취수량 관리체계 확립을 위해 ‘인공지능을 활용한 지하수위 변동 예측연구’를 수행, 제주삼다수 지하수위변동 상황 예보 시스템을 구축할 예정이다. 지속가능한 제주 지하수를 위한 공사의 다각적인 노력은 앞으로도 계속될 것이다.